Khu vực Kitakata ngày nay là một phần của tỉnh Mutsu cổ đại và đã được hình thành trong khu vực Aizu trong thời Edo. Sau khi phục hồi Meiji, nó được tổ chức như là một phần của huyện Yama, và Kitakata được thành lập như một thị trấn vào năm 1875. Năm 1882, hơn 3.000 nông dân tập trung tại sân Danjo-ga-hara ở Shiokawa và sau đó đi bộ trên đồn cảnh sát Kitakata để nổi dậy chống lại sự đàn áp của chính quyền tỉnh. Được biết đến như Sự kiện Kitakata năm 1882, nó là phong trào quyền của người đầu tiên trong khu vực Tohoku.

Thị xã Kitakata được nâng lên thành thành phố vào ngày 31 tháng 3 năm 1954. Vào ngày 4 tháng 1 năm 2006, các thị trấn Shiokawa và Yamato, và các làng Atsushiokanō và Takasato (tất cả từ huyện Yama) được sáp nhập vào Kitakata.